Die Elisabethenkirche ist aus einem empfindlichen Sandstein gebaut. Zudem wurde für die Armierung Eisengitter verwendet. Beides führt dazu, dass sich im Bau Risse auftun. Besonders der Kirchenturm ist in einem schlechten Zustand, sodass seit einigen Monaten die Glocken der Kirche nicht mehr läuten, denn deren Schwingungen würden dem Bau weiter schaden. Allein den Turm zu sanieren wird 7.2 Millionen Franken kosten. Insgesamt geht die Kirche von Sanierungskosten von über 13 Millionen Franken aus.
Ein Betrag, den sich die Kirche selbst nach eigener Aussage nicht leisten könne. Deshalb laufen jetzt Verhandlungen, wer sich an der Sanierung beteiligen soll. Die Diskussionen laufen zwischen den drei Akteuren:
- Die Evangelisch-reformierte Kirche Basel-Stadt: Der reformierten Kirche gehört die Elisabethenkirche. Zwar benutzt sie das Gebäude selbst nicht mehr, sondern hat sie an den Verein «Offene Kirche Elisabethen» vermietet. Dennoch ist sie als Besitzerin für die Sanierung verantwortlich. Allerdings kann sich die Kirche die Sanierung gar nicht leisten. Sinkende Mitgliederzahlen schränken den finanziellen Handlungsspielraum der Kirche ein.
- Der Kanton Basel-Stadt: Der Kanton hat die Elisabethenkirche unter Denkmalschutz gestellt. Das Denkmalschutzgesetz sieht vor, dass die Besitzerin eines unter Schutz gestellten Gebäudes den Kanton um finanzielle Unterstützung bei der Instandhaltung ersuchen kann. Allerdings sagt das Gesetz auch, dass die öffentliche Hand maximal die Hälfte der Kosten übernehmen darf.
- Die Christoph-Merian-Stiftung (CMS): Der Stiftungsgründer hat den Bau der Elisabethenkirche Mitte des 19. Jahrhunderts finanziert und schenkte die Kirche dann der Stadt beziehungsweise der reformierten Kirche. Die CMS sieht sich deshalb nicht in der Pflicht für die Sanierung. Dennoch will sich die Stiftung an den Sanierungskosten beteiligen und hat dafür diesen Sommer zwei Millionen Franken gesprochen.