Wer die Pflanze von Hand ausrupft, warnt Meret Bissegger, Naturküche-, Gemüse- und Wildkräuterexpertin, riskiert, die ganze Pflanze auszureissen. Sie empfiehlt auch, nur den obersten zarten Teil der Pflanze (die obersten ca. 5 Blättlein) abzuernten und die Brunnenkresse beim Ernten keinesfalls ganz abzuschneiden.
Und aufgepasst: die Brunnenkresse verwechselt man leicht mit dem bitteren Schaumkraut, das zwar nicht schwimmend im Wasser, aber am Rand von fliessenden Gewässern wächst. Eine Verwechslung ist allerdings unproblematisch, weil sowohl die Brunnenkresse wie auch das bittere Schaumkraut zur Familie der Kreublütler gehören, die allesamt geniessbar sind.