Das grösste Problem, welches sich für die Kantone stellt, ist die Unterbringung der Flüchtlinge. Die regulären Plätze in Appenzell Ausserrhoden sind beispielsweise alle besetzt. Regierungsrat Jürg Wernli erklärt: «Wenn wir Flüchtlinge aufnehmen, müssten wir diese auf die Gemeinden verteilen können. Wir bräuchten also die Kooperation der Gemeinden.»
Auch in den anderen Ostschweizer Kantonen finden Abklärungen statt. Wie der Thurgauer Regierungsrat Claudius Graf-Schelling erklärt, hat der Bund zudem allen Kantonen einen Brief zukommen lassen, in welchem er sie bittet, ihre Aufnahmebereitschaft zu überprüfen und eventuell auch zu erhöhen.