Ab dem 3. Oktober werden provisorische Spurwechsel eingebaut und die Installationsplätze für die Bauunternehmung erstellt. Bis am 5. Dezember fallen darum zwischen Brunnen und Erstfeld jeweils die letzten beiden S-Bahnen nach Mitternacht aus. Sie werden durch Busse ersetzt.
Die eigentliche Sanierung der Axenstrecke zwischen Brunnen und Flüelen mit ihren neun Tunneln erfolgt ab Januar 2017. Geplant sind drei Etappen, die bis Dezember 2019 dauern.
Dabei werden die bestehenden Portale, Gewölbe, Widerlager und Entwässerungen sowie die gesamte Bahntechnik mit Fahrbahn, Kabelanlagen und Fahrleitung ausgebaut und erneuert. Damit wird die gesamte Axenstrecke vier-Meter-tauglich.