Im Bundesparlament stritten sich nicht zuletzt zwei Bundesräte über die Kosten der Neat: Adolf Ogi und Otto Stich waren sich uneins. Ogi wollte die Neat mit Basistunnels am Gotthard und am Lötschberg durchziehen, für Stich war das zu teuer.
Auch nach dem Volksentscheid 1992 gingen die Diskussionen weiter. Vor allem die Rentabilität der Neat stand im Mittelpunkt zahlreicher Debatten. Nahe dabei war der frühere Luzerner FDP-National- und spätere Ständerat Georges Theiler, als Mitglied und Präsident der Neat-Aufsichtsdelegation der eidgenössischen Räte. «Ich habe das Bauwerk mit allen Höhen und Tiefen miterlebt», sagt Theiler in der Livesendung des Regionaljournals Zentralschweiz aus Erstfeld.
Linienführung in Uri umstritten
Im Kanton Uri war man sich lange nicht einig über die Linienführung der neuen Eisenbahnlinie. Die Allianz «Neat in den Berg» setzte sich dafür ein, dass die Zufahrt zum neuen Gotthard-Basistunnel möglichst wenig Kulturland im Talboden beanspruchte. Engagiertes Mitglied war auch der Urner CVP-Landrat Leo Brücker. «Als wir die ersten Pläne sahen, wurde uns bewusst, was dieses Bauwerk für den Lebensraum Uri bedeutet», sagt Brücker. «Mit Profilstangen quer durch den Talboden haben wir der Bevölkerung die Dimensionen aufgezeigt.»
«Dass die Zubringer noch nicht fertiggestellt sind, ist ein Manko.»
Schliesslich entschied sich der Bundesrat im Jahr 2002 tatsächlich für eine Bergvariante - die allerdings erst nach 2020 realisiert werden soll. Immerhin wurden Urner Anliegen berücksichtigt, wie zum Beispiel die Höhenreduktion des Damms im Talboden. Ein weiterer Knackpunkt war die Querung des Schächenbachs.