Die Amtszeit von Flavio Cotti war reich an grossen aussenpolitischen Herausforderungen. Beim Vorsitz der OSZE (Organisation für Sicherheit und Zusammenarbeit in Europa) 1996 standen die Umsetzung des Friedensvertrags für Bosnien-Herzegowina (Dayton-Abkommen) und die Gewährleistung von fairen Wahlen im Mittelpunkt. Cotti verdiente sich dabei internationalen Respekt.
Langwierige Verhandlungen
Namentlich hielt Bundesrat Cotti als OSZE-Chef Druckversuchen aus den USA stand. Stark gefordert war er ab Herbst 1996 auch im Zusammenhang mit der sogenannten Nazigoldaffäre. Cotti setzte sich für eine umfassende Aufklärung ein, wehrte sich aber gegen eine pauschale Verurteilung durch das Ausland.
Schliesslich prägte das langwierige Aushandeln des ersten Pakets der bilateralen Verträge mit der EU die Amtszeit von Cotti. Formell zum Abschluss kamen sie allerdings erst kurz nach seinem Rücktritt.