Joseph Deiss als Aussenminister «erbte» das quasi fertige Dossier der Bilateralen Verträge von Vorgänger Flavio Cotti. Der Bundesrat brachte das Paket im Jahr 2000 dann auch mit einem klaren Ergebnis bei der Volksabstimmung durch.
Sehr viel anspruchsvoller und knapper war die Debatte um und die Abstimmung über den Beitritt zur Uno 2002. Deiss setzte sich im Abstimmungskampf intensiv für die Vorlage ein. Sein sachlich-nüchternes Engagement für den Beitritt wurde von vielen Beobachtern nach dem extrem knappen Ergebnis als entscheidend eingestuft.
Vertiefte Handelsbeziehungen
Ab 2003 war Deiss Wirtschaftsminister, der mit der Aussenpolitik eng verbunden blieb. Er setzte sich für vertiefte Handelsbeziehungen mit der EU und den USA ein.
Damit steht Deiss beispielhaft für die grosse Bedeutung von Handels- und Wirtschaftsbeziehungen für die Schweizer Aussenpolitik.
2010 wurde der ehemalige Aussenminister für ein Jahr zum Präsidenten der UNO-Generalversammlung gewählt.